พิพิธภัณฑ์บ้านยี่สารเริ่มก่อตั้งราวปี พ.ศ. 2539 จากการที่ชาวบ้านกลุ่มหนึ่งช่วยกันเก็บรวบรวมข้าวของเครื่องใช้ โบราณวัตถุจากวัดเขายี่สาร และรับบริจาคสิ่งของต่าง ๆ จากชาวบ้านในชุมชนยี่สาร ตั้งใจว่าอยากจะนำมาจัดแสดงไว้ให้ผู้ที่สนใจได้เข้าชม และได้ขออนุญาตจากวัดเขายี่สาร ใช้พื้นที่ใต้ถุนศาลาการเปรียญเป็นสถานที่จัดแสดง