มัสยิดกรือเซะมีลักษณะการก่อสร้างเป็นแบบเสากลมก่ออิฐแบบศิลปะทางตะวันออกกลาง ส่วนที่สำคัญที่สุดคือหลังคาโดมซึ่งยังสร้างไม่แล้วเสร็จ มัสยิดเก่าแห่งนี้มีตำนานเล่าว่าเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยวสาปแช่งไว้ไม่ให้สร้างเสร็จ บริเวณใกล้เคียงนั้นก็มีฮวงซุ้ยหรือที่ฝังศพเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยวด้วย มัสยิดแห่งนี้สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (พ.ศ.21212136)