สร้างขึ้นเมื่อปีใดไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัด มีข้อความกล่าวถึงวัดนี้ในหนังสือ “ตำนานพระอารามหลวงและทำเนียบสมณศักดิ์” ซึ่งเจ้าพระยาวิชิตวงศ์วุฒิไกร (ม.ร.ว. คลี่ สุทัศน์) เรียบเรียงขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ความว่า “วัดเครือวัลย์วรวิหาร อยู่ในคลองมอญฝั่งใต้ เจ้าพระยาอภัยภูธร สร้างในรัชกาลที่ 3 แล้วถวายเป็นพระอารามหลวง พระราชทานนามว่า วัดเครือวัลย์วรวิหาร และวัดนี้ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงปฏิสังขรณ์ด้วย แล้วเจ้าพระยาภูธราภัย ปฏิสังขรณ์ต่อมา ถึงรัชกาลที่ 5 ทรงปฏิสังขรณ์ด้วย”