ตามประวัติวัดนี้สร้างขึ้นในปลายรัชกาลสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี เดิมมีชื่อเรียกว่า วัดวรามะตาราม ต่อมาเปลี่ยนชื่อว่า วัดอำมาตยรส หรือ วัดอมฤตรส แต่ชาวบ้านเรียกกันว่า วัดบางขุนพรหม หรือ วัดบางขุนพรหมใน คู่กันกับ วัดบางขุนพรหมนอก หรือ วัดอินทรวิหาร ต่อมาเมื่อปี 2460 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นทางการว่า วัดใหม่อมตรส