อาณาจักรปัตตานีในช่วงสมัยรายาฮีเยา(พ.ศ. 2127-2159) ถึงรายากูนิง (พ.ศ. 2178-2231) ซึ่งล้วนเป็นกษัตรีย์ ถือเป็นอาณาจักรของชาวมลายูที่มี ความรุ่งเรืองมากที่สุด หลังจากมะละกาตกเป็นเมืองขึ้นของโปรตุเกส ทำให้ปัตตานีกลายเป็นศูนย์กลางการค้าขายและมีความรุ่งเรืองมาก ดังบันทึกของชาวต่างชาติว่า พลเมืองปัตตานีมีชายอายุ 16-60 ปี อยู่ถึง 150,000 คน เมืองปัตตานีมีผู้คนหนาแน่น เต็มไปด้วยบ้านเรือน บ้านเรือนราษฎรนับตั้งแต่ประตูราชวังถึงตัวเมืองปลูกสร้างเรียงรายไม่ขาดระยะ หากว่ามีแมวเดินบนหลังคาบ้านหลังแรกไปยังหลังสุดท้าย ก็เดินได้โดยไม่ต้องกระโดดลงบนพื้นดินเลยและ ปัตตานีมีแคว้นต่างๆ อยู่ภายใต้การปกครองถึง 43 แคว้น รวมทั้งตรังกานู และกลันตันด้วย