ที่ได้ชื่อว่า ถ้ำเรือ เป็นเพราะภายในพบรูปร่างคล้ายเรือคว่ำอยู่บนเพดานถ้ำ
การเกิดรูปรอยเรือคว่ำบนเพดานนั้น มาจากการที่ถ้ำแห่งนี้ถูกน้ำท่วมซ้ำแล้วซ้ำเล่า ผนังถ้ำซึ่งเป็นหินปูนถูกกัดกร่อนจนมีรูปร่างคล้ายรูปเรือคว่ำ
บริเวณหน้าถ้ำเรือ เป็นสังคมพืชป่าภูเขาหินปูน พืชบริเวณนี้จะแตกต่างกันโดยสิ้นเชิง พันธุ์ไม้พื้นส่วนล่างที่อยู่ริมน้ำมีความชื้นสูง จะเป็นพรรณไม้ชนิดที่ขึ้นอยู่ในป่าดงดิบ เช่น หวาย ยาง พรรณไม้พื้นล่างที่มีหน้าดินตื้นมีหินมากแล้งน้ำจะเป็นพวกหญ้าเถาวัลย์ หนาม และงิ้วป่า เป็นไม้เบิกนำ เมื่อมองสูงขึ้นไปจะเห็นพรรณไม่ที่สามารถขึ้นในที่แล้งได้ เช่น สลัดได ที่มีลำต้นคล้ายตะบองเพชร พืชเหล่านี้แสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่า สังคมพืชป่าเขาหินปูน มีความหลากหลายของชนิดพรรณไม้เป็นอย่างมาก ทั้งที่นี้อยู่กับสภาพภูมิประเทศความชื้นในดิน และแสงสว่างที่มีส่วนกำหนดการเกิดของพรรณไม้แต่ละพรรณ
เป็นถ้ำที่พบฟอสซิลหอยสองฝา สาหร่ายทะเล ปรากฏอยู่ตามผนังถ้ำ ที่ผนังถ้ำยังปรากฏรูปรอยคล้ายลอนคลื่นสวยงาม ซึ่งเกิดจากการกัดเซาะของน้ำในลำห้วยช่วงฤดูน้ำหลากมีรูปคล้ายเรือคว่ำบนเพดานถ้ำ เป็นที่มาของชื่อถ้ำ