น้ำตกโตนรากไทรเป็นน้ำตกที่ไม่มีน้ำไหลตลอดปี อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติประมาณ 400 เมตร มีลักษณะเป็นน้ำตกชั้นเดียวที่ตกลงมาจากหน้าผาหินสูงประมาณ 7 เมตร ลงสู่แอ่งน้ำเบื้องล่าง มีเส้นทางเดินป่าศึกษาธรรมชาติน้ำตกโตนรากไทร-น้ำตกสามหลั่น ระยะทางประมาณ 2,500 เมตร ใช้เวลาเดินประมาณ 90 นาที โดยมีจุดเริ่มต้นจากบริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติ ผ่านน้ำตกโตนรากไทร อ่างเก็บน้ำเขาสามหลั่น น้ำตกสามหลั่น ไปสิ้นสุดบริเวณลานอเนกประสงค์ใกล้ที่ทำการอุทยานแห่งชาติ หินบริเวณน้ำตกมีลักษณะที่คงตัวไม่แตกหักพังทลาย มีแอ่งน้ำที่เพียงพอสำหรับการเล่นน้ำของนักท่องเที่ยว แต่ในช่วงที่มีนักท่องเที่ยวมากอาจทำให้รู้สึกหนาแน่นได้ สภาพป่ารอบด้านมีความอุดมสมบูรณ์ เป็นป่าต้นน้ำที่ได้รับการอนุรักษ์และดุแลป้องกันการบุกรุกโดยเจ้าหน้าที่ของอุทยานแห่งชาติน้ำตกสามหลั่น มีพันธุ์ไม้หลากหลายชนิดอยู่หนาแน่น พบสัตว์ป่าพื้นบ้านทั่วไป ทิวทัศน์น้ำตกมีความสวยงามนักท่องเที่ยวเดินทางเข้าไปชมได้ง่าย เพราะอยู่ไม่ไกลจากที่ทำการอุทยานฯ มีการดัดแปลงเส้นทางเดินในพื้นที่บ้างแต่ก็ไม่กระทบต่อภูมิทัศน์ พื้นที่ มีการบุกรุกน้อยแต่ก็มีแนวโน้มเพิ่มขึ้น มีหน่วยงานของรัฐ (สำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 1 สระบุรี ) ดูแลอยู่ ยังไม่มีโครงการใดๆ ที่จะมาเปลี่ยนแปลงธรรมชาติของน้ำตกในบริเวณดังกล่าว