แหล่งธรรมชาติของอุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีงดงามเหมาะแก่การเที่ยวชมและพักผ่อนหย่อนใจ เช่น น้ำตกคลองตรอน หรือน้ำตกห้วยโป่ง ภูเมี่ยง ผาชมหมอก และถ้ำจันทร์ ผู้ในสนใจสามารถทำกิจกรรมต่าง ๆ ได้หลากหลาย ไม่ว่าจะเป็นการชมทัศนียภาพ บันทึกภาพธรรมชาติ ดูนก เดินป่า ปีนเขา พักแรมด้วยเต็นท์และปิกนิก ช่วงเวลาที่เหมาะสมแก่การไปเยี่ยมชมอุทยานแห่งชาติคลองตรอน จะอยู่ประมาณกลางเดือนภุมภาพันธ์ถึงช่วงปลายเดือนธันวาคม อุทยานแห่งชาติคลองตรอน นับว่าเป็นอุทยานแห่งชาติที่คงความอุดมสมบูรณ์ของป่าไม้ไว้ จึงมีสัตว์ป่าอาศัยอยู่มากมาย ไม่ว่าจะเป็นนกนานาพันธุ์ที่มีมากกว่า 70 ชนิด และหมี ลิง ลิงลม หมูป่า สุนัขจิ้งจอก ปูลู และสัตว์ที่นับได้ว่าเป็นจุดเด่น ได้แก่ ช้าง เลียงผา หมี และปูลู