เป็นปราสาทรูปสี่เหลี่ยมเพิ่มมุม ก่อด้วยอิฐ ไม่สอปูน ตั้งอยู่บนฐานสูง หันหน้าไปทางทิศตะวันออก มีทางเข้าด้านหน้าเพียงด้านเดียว อีก 3 ด้านที่เหลือเป็นประตูหลอก ส่วนชั้นหลังคาหักพังลงเหลือเพียงสองชั้น ส่วนประกอบที่ใช้ประดับตกแต่งตัวอาคารสูญหายไปเกือบทั้งหมด คงเหลือเพียงชิ้นส่วนประติมากรรมไม่กี่ชิ้น และวงกบประตูที่แสดงถึงเทคนิคการเข้าวงกบแบบมีบ่า ต่างจากการเลียนแบบวงกบอาคารเครื่องไม้แบบเข้าเหลี่ยม ปัจจุบันได้มีการซ่อมแซมพระธาตุบ่อพันขันในชั้นหลัง ทำให้มีลักษณะทางสถาปัตยกรรมเป็นแบบธาตุอีสาน
พระธาตุพันขัน