พิพิธภัณฑ์วัดพระปฐมเจดีย์ ตั้งอยู่บริเวณชั้นลดด้านทิศตะวันออกตรงข้ามพระอุโบสถ ภายในเก็บวัตถุโบราณที่ขุดพบได้จากสถานที่ต่างๆ ในจังหวัดนครปฐมทั้งสมัยบ้านเชียง สมัยทวารวดี เช่น พระพุทธรูป หินบดยา ลูกประคำดินเผา กำไลข้อมือ เงินโบราณ ฯลฯ และยังเป็นที่เก็บหีบศพของย่าเหลและโต๊ะหมู่บูชาซึ่งใช้ในพิธีศพของย่าเหลซึ่งเป็นสุนัขที่รัชกาลที่ 6 ทรงโปรดปรานมากและถูกคนลอบยิงตาย พระองค์ทรงเสียพระทัยมาก โปรดฯให้สร้างอนุสาวรีย์ไว้อาลัย
-หีบศพย่าเหล สุนัขทรงโปรดในรัชกาลที่ 6 -พระพุทธรูปปางต่างๆ -พระแท่นทรงงาน สมัยรัชกาลที่ 4 —