วัดห้วยตะโกเป็นวัดเก่าแก่แห่งหนึ่งในจังหวัดนครปฐม จากหลักฐานทางโบราณวัตถุที่พบในวัดน่าจะสร้างในยุคสมัยอู่ทองกว่า 700 ปีมาแล้ว โดยดูจากลวดลายของใบเสมาหินทรายแดงแกะสลักอยู่รอบอุโบสถหลังเก่าของวัด พระครูสังฆรักษ์ไพบูลย์ กตปุญโญ เจ้าอาวาส ได้มีความคิดที่อยากจะอนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมพื้นบ้านของไทยไม่ให้หายไปจึงได้ริเริ่มจัดตั้งพิพิธภัณฑ์พื้นบ้านวัดห้วยตะโกขึ้นมา