พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ตั้งขึ้นตามแผนหลักของโครงการอุทยานวิทยาศาสตร์พระจอมเกล้า ณ หว้ากอ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เพื่อเป็นศูนย์การเรียนรู้ และวิจัยด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลธรรมชาติวิทยาและสิ่งแวดล้อม ควบคู่กับการท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ เริ่มดำเนินการก่อสร้างเมื่อปี พ.ศ. 2543 ใช้งบประมาณในการก่อสร้างจำนวน 164 ล้านบาท การบริหารจัดการจะเป็นการดำเนินการร่วมกับภาคเอกชน และเปิดบริการให้เข้าชมได้ในปี พ.ศ. 2547
พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำแห่งนี้ มีวัตถุประสงค์เพื่อให้การศึกษาถึงเรื่องสิ่งมีชีวิตในน้ำทั้งน้ำจืดและน้ำเค็ม ทั้งในประเทศและต่างประเทศ โดยได้รับความร่วมมือเป็นอย่างดีจากกรมประมงและสถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเลมหาวิทยาลัยบูรพา
พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำหว้ากอ เป็นส่วนหนึ่งของอุทยานวิทยาศาสตร์ มีพื้นที่จัดแสดงทั้งหมดประมาณ 3,600 ตารางเมตร ภายในอาคารจัดแสดงนิทรรศการ และจัดแสดงพันธุ์สัตว์น้ำที่หลากหลายสมจริงตามระบบนิเวศของแหล่งน้ำทั้งแหล่งน้ำจืด แหล่งน้ำกร่อย และทะเล สัมผัสกับมหัศจรรย์โลกใต้น้ำที่มีสีสันความสวยงามของสัตว์น้ำหลากหลายชนิด ทั้งน้ำจืดและน้ำเค็มในมิติใหม่ของพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำหว้ากอ ภายในแบ่งพื้นที่เป็น 6 ส่วน คือ ส่วนอัศจรรย์โลกสีคราม ส่วนจากขุนเขาสู่สายน้ำ ส่วนสีสันแห่งท้องทะเล ส่วนเปิดโลกใต้ทะเล ส่วนพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำและส่วนกิจกรรมปฏิบัติการ
การศึกษาสิ่งมีชีวิตในน้ำทั้งน้ำจืดและน้ำเค็ม ทั้งในประเทศและต่างประเทศ