จากการที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงมีพระราชดำริให้ส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเข้าไปดำเนินการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนังเพื่อฟื้นฟูสภาพพื้นที่และพัฒนาคุณภาพชีวิตของราษฎรให้ดีขึ้นกองทัพบกเป็นหน่วยงานหนึ่งที่ได้รับสนองพระราชดำริเข้าไปดำเนินงานในโครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง อันเนื่องมาจากพระราชดำริประกอบกับในปี 2539 เป็นปีที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงครองสิริราชสมบัติเป็นปีที่ 50 กองทัพบกจึงได้ร่วมกับพี่น้องประชาชนจัดทำโครงการก่อสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์เฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฉลองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี เพื่อพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนังขึ้นที่จังหวัดนครศรีธรรมราชเพื่อถวายเป็นราชสักการะเนื่องในวโรกาสพระราชพิธีกาญจนาภิเษก พุทธศักราช 2539 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นอาคารพิพิธภัณฑ์เฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในวโรกาสที่ทรงครองราชย์ครบ 50 ปี ในวันที่ 9 มิถุนายน 2539 เพื่อใช้เป็นสถานที่ทรงงานในวโรกาสเสด็จพระราชดำเนินไปบริเวณที่ก่อสร้างประตูระบายน้ำปากพนังและเพื่อเป็นอนุสรณ์ และเป็นอาคารพิพิธภัณฑ์แสดงถึงวิวัฒนาการของพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนังความเป็นมาของโครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง อันเนื่องมาจากพระราชดำริและแนวทางพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเพื่อพัฒนาลุ่มน้ำปากพนัง