มัสยิดฮากีมุดดินแห่งนี้ก่อตั้งมาเมื่อ พ.ศ. 2416 เป็นอาคารหลังไม้ต่อมาได้มีการย้ายข้ามคลองมาอยู่ฝั่งตะวันออกสร้างเป็นมะลิลา 2 หลังคู่ขวางตะวัน มีรางน้ำตรงกลาง ต่อมามีการสร้างใหม่เป็นทรงปั้นหยาไม้หลังเดียวมีมุงด้านตะวันตกและต่อมามีการรื้อสร้างใหม่เป็นคอนกรีตเสริมเหล็ก ปัจจุบันได้สร้างหลังใหม่เมื่อ 3 กุมภาพันธ์ 2547 เป็นคอนกรีตเสริมเหล็กซึ่งกำลังดำเนินการก่อสร้างยังไม่เสร็จเป็นอาคาร 2 ชั้น ในปี พ.ศ. 2549 ซึ่งเป็นปีมหามงคลที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงครองราชย์ครบ 60 ปี จึงเปลี่ยนชื่อว่า มัสยิดกลางจังหวัดนครนายก (ฮากีมุดดีน)เฉลิมพระเกียรติ ปัจจุบันมี ฉัจยีไสว สมาน เป็นอิหม่านประจำมัสยิด สิ่งสำคัญในศาสนสถาน อาคารมัสยิด มินบัร