สันนิษฐานกันว่า วัดทองธรรมชาติอาจสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยา และทรุดโทรมลงตามกาลเวลา ต่อมา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 ประมาณ พ.ศ.2330 พระองค์เจ้าหญิงกุ (ต่อมา คือ พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงนรินทรเทวี) ซึ่งคนทั้งหลายขานพระนามว่า เจ้าครอกวัดโพธิ์ พระขนิษฐาในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พร้อมด้วยกรมหมื่นนรินทรพิทักษ์พระภัสดาทรงมีพระศรัทธาบูรณปฏิสังขรณ์และสร้างอุโบสถ วิหาร และเสนาสนะวัดทองบนขึ้นใหม่ทั้งวัด