ประวัติของวัดบางขวากมีดังนี้ ชื่อของวัดคือ วัดบางขวาก มีที่มาเป็นเรื่องที่เล่าต่อๆ กันมาว่า เดิมตำแหน่งที่ตั้งของวัดอยู่ริมแม่น้ำท่าจีน และมีคลองน้ำไหลมาลงแม่น้ำตรงใกล้วัด ตรงนี้ชาวบ้านทั่วไปเรียกตรงนี้ว่าปากคลอง ต่อมามีการย้ายหมู่กุฏิสงฆ์มาทางทิศใต้ ซึ่งเป็นที่อยู่ของวัดในปัจจุบันนี้ แต่เมื่อครั้งที่ย้ายมาใหม่ๆ นั้น ที่ตรงนี้เป็นที่รกร้างเต็มไปด้วยพุ่มไม้ใหญ่น้อยทึบไปทั่ว ในเวลานั้นที่ในชุมชนนี้มีพวกขโมยชุกชุมมาก เมื่อพวกนี้เข้าบ้านไปขโมยของๆใครแล้ว เจ้าหน้าที่และเจ้าของบ้านจะออกติดตามขโมยพวกนี้ทันที พวกขโมยจึงได้นำไม้ไผ่มาหลาวปลายให้แหลมเป็นรูปใบหอก แล้วปักไว้ตามเส้นทางที่หนี ที่เรียกว่า “ขวาก” ทำให้เจ้าหน้าที่บ้านเมือง และเจ้าทรัพย์ ติดตามได้ลำบาก เพราะว่าในขณะที่วิ่งไล่ตามโจรนั้น จะต้องระวังและกลัวว่า “ขวากจะทิ่มขาเอาได้” และดงที่หัวขโมยปักขวากเอาไว้นั้น ก็คือที่ตั้งของวัดและชุมชนตลาดบางขวากในปัจจุบันนี้นั่นเอง จึงเป็นที่มาของชื่อวัดที่ชาวบ้านในสมัยโบราณเรียกกันตรงนั้นว่า “บ้านบางขวาก” และ “วัดบางขวาก” ตามลำดับ วัดบางขวากนี้ไม่ปรากฏหลักฐานว่าสร้างมาแต่ครั้งสมัยใด และใครเป็นผู้สร้าง มีนักประวัติศาสตร์สันนิษฐานเอาว่า คงจะสร้างมานานกว่า 200 ปีแล้ว โดยดูจากการลงประกาศให้เป็นวัดเมื่อ พ.ศ. 2350 จากวันประกาศให้เป็นวัดจนถึงปัจจุบันนี้ก็เป็นเวลา 200 ปีกว่าๆ เข้าไปแล้ว