สร้างขึ้นเมื่อประมาณ พ.ศ. 2367 ในสมัยรัชกาลที่ 3 โดยชาวเวียงจันทน์ ที่พักอยู่แถวบางปะอิน อยุธยา โปรดให้อพยพครอบครัวมาถึงอยู่บริเวณแนวคลองแสนแสบ และได้เรียกหมู่บ้านของตนว่า “บางเพ็ง” ได้ร่วมกันสร้างขึ้นแล้วจึงเรียกว่า “วัดบางเพ็งเหนือ” เพราะวัดตั้งอยู่ริมฝั่งเหนือคลองแสนแสบ แล้วได้มีพระพิมพาเถระซึ่งร่วมเดินทางมาด้วยเป็นผู้ปกครองดูแลวัด ต่อมาได้มีการเรียกนามว่า “วัดบำเพ็ญเหนือ” สืบต่อมาจนตราบเท่าปัจจุบันนี้