ก่อนที่จะสร้างพระมหาเจดีย์ หลวงปู่ครูบาชัยยะวงศาได้พบมูลโคขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ในสมัยที่ทรงมาใช้ชาติเป็นโคพระโพธิสัตว์ และมูลโคนี้ก็ได้กลายสภาพเป็นพระบรมธาตุ จึงมีความตั้งใจที่จะสร้างพระมหาเจดีย์ธาตุครอบทับสถานที่แห่งนี้ไว้ ด้วยเกรงว่าต่อไปในภายหน้า หากไม่ทำอะไร สถานที่อันศักดิ์สิทธิ์แห่งนี้ก็คงจะมีชาวบ้านมาสร้างบ้านเรือนทับด้วยเพราะความไม่รู้ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก ประทานนามพระมหาเจดีย์นี้ว่า พระมหาเจดีย์ศรีเวียงชัยพุทธเจดีย์พระเจ้าห้าพระองค์ สิ่งสักการะแทนองค์พระศาสดาทั้งห้าของภัทรกัป แห่งแรกที่สร้างด้วยศิลาแลงทั้งองค์ที่ใหญ่ที่สุดในประเทศไทย ประดิษฐาน ณ วัดหนองวัวเฒ่า หมู่ที่ 9 บ้านหนองปู (ห้วยต้ม) ตำบลนาทราย อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เจตนาการสร้าง เพื่อให้ประเทศไทยได้มีพุทธเจดีย์ที่เป็นเครื่องหมายแห่งการตรัสรู้โปรด เวไนยสัตว์ของพระพุทธเจ้าทั้ง 5 พระองค์ ซึ่งได้แก่ พระพุทธเจ้ากกุสันธะ, พระพุทธเจ้าโกนาคมนะ, พระพุทธเจ้ากัสสปะ, พระพุทธเจ้าโคตมะ (พระสมณโคดม) องค์ปัจจุบันและพระศรีอริยเมตไตรย์ พระพุทธเจ้าที่จะมาตรัสรู้ในอนาคต หลวงปู่ครูบาชัยยะวงศาให้สร้างพระมหาธาตุเจดีย์ศรีเวียงชัย เพื่อเป็นพุทธเจดีย์พระเจ้า 5 พระองค์ในประเทศไทยนั้น ก็ย่อมเป็นการบอกมโนปณิธานของหลวงปู่ว่าเป็นสักขีพยานว่า หลวงปู่และลูกหลานรวมทั้งผู้ที่ร่วมสร้างพระมหาเจดีย์นี้ ได้เกิดมาร่วมบำเพ็ญบารมีในพระศาสนาของสมเด็จพระสมณโคดมสัมมาสัมพุทธเจ้าองค์ปัจจุบัน แม้นหากลูกหลานของหลวงปู่ตลอดจนผู้ที่ได้ร่วมสร้างพระมหาเจดีย์แห่งนี้ยังไปไม่ถึงฝั่ง คือ พระนิพพานฉันใด ก็ขอให้ได้เกิดมาบำเพ็ญบารมีเพื่อเข้าสู่ฝั่ง คือ พระนิพพาน ในพระศาสนาของสมเด็จพระศรีอริยเมตไตรย์ สัมมาสัมพุทธเจ้าโน้นเถิด ดังเช่นที่ สมเด็จพระสมณโคดมพุทธเจ้าตรัสว่า ”ดูก่อน พระสารีบุตรผู้เจริญ ชนทั้งหมดไม่ได้เห็นรูปกายของเรา ถ้าเขาได้พบพระศาสนาของเรา ให้ทาน รักษาศีล เจริญภาวนา แล้วไซร้ ด้วยผลแห่งกรรมนั้น เขาจักอุบัติในสำนักพระพุทธเจ้าทรงพระนามว่า อริยเมตไตรย์แล” เป็นการอาราธนาพระบรมธาตุของสมเด็จพระศรีอริยเมตไตรย์สัมมาสัมพุทธเจ้า มาบรรจุในองค์พระมหาเจดีย์ที่สร้างไว้แล้วนี้ ซึ่งหลวงปู่พร้อมทั้งลูกหลานและผู้มีจิตศรัทธาได้สร้างไว้ในพระศาสนาขององค์สมเด็จพระสมณโคดมสัมมาสัมพุทธเจ้า และเมื่อใดที่สิ้นพระศาสนาของพระองค์แล้ว ขอองค์พระศรีอริยเมตไตรย์พุทธเจ้าทรงพระเมตตารับทราบบุรพเจตนาที่ได้สร้างพระมหาธาตุเจดีย์ศรีเวียงชัยนี้ขึ้นมา ก็เพื่อรอการมาตรัสรู้ของพระองค์ เช่นเดียวกับพระมหาเจดีย์ชเวดากอง และหากวันนั้นมาถึงขอพระองค์ทรงพระเมตตาให้พระมหาธาตุเจดีย์ศรีเวียงชัยนี้ เป็นที่ประดิษฐานพระบรมธาตุของพระองค์เที่ยงแท้ พระมหาธาตุเจดีย์ศรีเวียงชัย พุทธเจดีย์ของภัทรกัปแห่งแรกในประเทศไทย จากพระมหาเจดีย์พุทธคยา ประเทศอินเดีย อันเป็นสัญลักษณ์แห่งการมาตรัสรู้อนุตตรสัมมาสัมโพธิญาณของพระโคตมะ (โคดม) พุทธเจ้า จนมาถึงพระมหาเจดีย์ชเวดากอง ประเทศพม่า ที่เป็นเครื่องแสดงว่า พระโคตมะพุทธเจ้า เมื่อตรัสรู้เป็นพระสัมมาสัมพุทธเจ้าแล้ว ได้ประทานพระเกศาธาตุมาบรรจุรวมกับบริขารของพระพุทธเจ้าที่ล่วงมาแล้ว 3 พระองค์ และรอการมาบรรจุพระบรมธาตุของพระศรีอริยเมตไตรย์เป็นองค์ที่ 5 แห่งภัทรกัป จึงมีความสำคัญเหมือนพุทธเจดีย์พระพุทธเจ้า 5 พระองค์ แห่งแรกของโลก (ชเวดากอง แปลว่า เจดีย์ทองเมืองตะเกิง) และด้วยเหตุนี้ จึงเป็นที่มาของพระมหาธาตุเจดีย์ศรีเวียงชัย ในประเทศไทย โดยความคิดริเริ่มของหลวงปู่ครูบาชัยยะวงศาจะเป็นพุทธเจดีย์ของภัทรกัปแห่งแรกในประเทศไทย และเป็นแห่งที่ 2 ของโลก หลวงปู่ครูบาชัยยะวงศาอธิษฐานขอพระบรมธาตุของพระโคตมะพุทธเจ้าก่อนที่จะสร้างพระเจดีย์ เพื่อมาประดิษฐานในพระมหาเจดีย์ที่คิดจะสร้างในประเทศไทย และด้วยเจตนารมย์อันบริสุทธิ์และมโนปณิธานที่ตั้งไว้ชอบแล้ว จึงทำให้คำอธิษฐานของหลวงปู่สัมฤทธิ์ผลเป็นที่น่าอัศจรรย์ คือครั้งแรก (วันที่ 11 กุมภาพันธ์ 253 หลวงปู่ได้พระบรมธาตุลักษณะกลมใสองค์ใหญ่จำนวน 1 องค์ และพรรณสีเขียวมรกตเหมือนเพชรที่เจียระไนแล้วจำนวน 1 องค์ รวมเป็น 2 องค์ หลวงปู่บอกว่าเป็นน้ำหล่อเลี้ยงพระหฤทัย ครั้งที่สอง (วันที่ 19 มีนาคม 253 ได้พระบรมธาตุส่วนกลางกะโหลกพระเศียร จำนวน 12 องค์ รวมกันแล้วหลวงปู่ได้พระบรมธาตุเป็นจำนวนถึง 14 องค์ หลวงปู่บอกว่า ควรจริงอยากได้พระเกศาธาตุเช่นเดียวกับที่บรรจุในพระมหาเจดีย์ชเวดากอง แต่ได้พระธาตุส่วนนี้ก็สำคัญเท่ากัน เมื่อหลวงปู่ได้พระบรมธาตุตามที่ได้อธิษฐานแล้ว จึงได้เริ่มลงมือก่อสร้างพระมหาเจดีย์ ในวันวิสาขบูชาที่ 13 พฤษภาคม 2538 หลวงปู่ครูบาชัยยะวงศาพัฒนาได้อธิษฐานจิตอาราธนาพระบรมสารีริกธาตุจากสถานที่ต่างๆ ที่ท่านได้ไปจาริกแสวงธรรมที่สำคัญ คือ ประเทศอินเดีย ศรีลังกา พม่า จีน เป็นต้นมาบรรจุไว้ในพระมหาเจดีย์ นอกเหนือจากสิ่งมงคลสักการะอันศักดิ์สิทธิ์อื่นๆ เช่นพระพุทธรูป เป็นต้น นอกจากนี้ หลวงปู่ก็ได้นำบริขารของพระพุทธเจ้า 3 พระองค์ ที่ล่วงมาแล้ว มาบรรจุไว้ในพระมหาเจดีย์อีกด้วย ดังนี้ ไม้เท้าของพระพุทธเจ้ากกุสันโธ, เครื่องกรองน้ำ และคณโฑน้ำจากชเวดากอง แทนธัมกรกของพระพุทธเจ้าโกนาคมนะ, ผ้าห่มองค์พระมหาเจดีย์ชเวดากอง แทนผ้าจีวรของพระพุทธเจ้ากัสสปะ