วัดสุปัฏนาราม สร้างในรัชสมัยของ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 โดยได้เริ่มสร้างวัดในปี พ.ศ.2393 และสร้างเสร็จ พ.ศ.2396 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ พระราชทานนามว่า วัดสุปัฏนาราม อันหมายถึง วัดที่มีสถานที่ตั้งเหมาะสมเป็น ท่าเรือที่ดี ซึ่งสภาพของที่ตั้งวัดขณะนั้นเป็นที่เงียบสงัด เหมาะที่จะบำเพ็ญศาสนกิจ สะดวกในการออกบิณฑบาต ที่ไม่ไกลอยู่ติดกับฝั่งลำน้ำมูล และเมื่อสร้างวัดเสร็จแล้ว ทรงให้ไปอาราธนา ท่านพนฺธุโล (ดี) มาครองวัดสุปัฏนาราม พระอุโบสถวัดสุปัฏรารามวรวิหาร ตัวพระอุโบสถที่สร้างขึ้นแต่ดั่งเดิม สร้างขึ้นด้วยพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ ของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (ร.4) ซึ่งพระอุโบสถหลังเดิมนั้น มีความยาว 11 วา 2 ศอก กว้าง 8 ในขณะนั้น เสาไม้แก่นก่ออิฐโอกเสา หลังคาลดเป็น 2 ชั้น มุงด้วยกระเบื้องไม้ มีช่อฟ้าใบระกาประดับกระจก หน้าบันด้านตะวันออกสลักลายเครือ ตะวันตกสลักลายดอกไม้ พื้นถมดินปูด้วยกระเบื้องดินเผา และต่อมาพระอุโบสถหลังนี้ก็ได้ผุพังลง อีกทั้งบริเวณด้านหน้านั้นแคบ ไม่พอแก่กองทหาร กองตำรวจ กองลุกเสือ ที่ตั้งแถวในการทำพิธีถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยาประจำปี ต่อมาจึงได้ทำการบูรณะใหม่ โดยลักษณะของพระอุโบสถวัดสุปัฏนาราม เป็นอาคารขนาดใหญ่ กว้าง 20 เมตร ยาว 34 เมตร สูงจากพื้นถึงช่อฟ้า 22 เมตร สร้างคล้ายทรงพระราชนิยมสมัยรัชกาลที่ 3 (อิทธิพลจีน) คือตัวอาคารมีชาลา (ระเบียง) เสานางจรัล(เสานางเรียง) ทรงสี่เหลี่ยมล้อมรอบ ระหว่างเสาก่ออิฐเป็นรูปโค้งเรือนแก้ว (โค้งแหลมแบบโกธิคของฝรั่งเศส) ตัวอาคารไม่ทำหน้าต่าง แต่ทำเป็นประตูแทน โดยรอบทางด้านหน้าและด้านข้าง หลังคาทรงจั่วชั้นเดียวมีพะไร(ปีกนก) 2 ข้าง คลุมชาลา หน้าจั่วเรียบเต็มเสมอเสาด้านหน้า (คล้ายโบสถ์อิทธิพลจีนสมัยรัชกาลที่ 3 ) มีลายปูนปั้น เป็นลายไทยผีมือช่างญวน (เป็นลายไทยที่ไม่มีเอกลักษณ์ของลายไทยอยู่เลย ตัวลายรีบ ช่องไฟกว้าง ไม่ได้สัดส่วน) ช่อฟ้ารวยลำยองเป็นรูปพญานาคแบบญวน เชิงบันไดทั้ง 4 ด้าน ปั้นปูนรูปสิงโตหมอบยิ้ม อยู่มุมละ 1 ตัว ซึ่งแตกตางไปจากโบสถ์อื่นๆ ที่นิยมทำพญานาคเฝ้าบันได ส่วนที่หน้าพระอุโบสถ มีจารึกโบราณสมัยขอมหลายชิ้น เช่น จารึกถ้ำหมาใน ทับหลัง เฉพาะทับหลัง กล่าวกันว่า เป็นทับหลังที่เก่าแก่ที่สุดในประเทศไทย (พุทธศตวรรษที่ 12-13)