วัดสูงเม่นสันนิษฐานว่าน่าจะเป็นวัดที่สร้างขึ้นในสมัยอาณาจักรล้านนารุ่งเรือง (พ.ศ. 2100 – 2207) ไม่มีหลักฐานปรากฏที่แน่ชัด แต่ถือว่าอยู่ในช่วงเวลาดังกล่าว เนื่องจากลักษณะพระพักตร์และการก่อสร้างองค์พระประธานของอุโบสถวัดสูงเม่น มีความคล้ายคลึงกับองค์พระประธานของวัดวิชุนราช เมืองหลวงพระบาง ประเทศลาวเป็นอย่างมาก