ศาลเจ้าแม่ทับทิมขึ้นทะเบียนเป็นศาลเจ้าแม่ใน พ.ศ. 2460 อยู่ในความดูแลของกระทรวงมหาดไทย ภายในเป็นที่ประดิษฐานของเจ้าแม่ทับทิม ซึ่งเป็นรูปแกะสลักไม้ เล่ากันว่าเป็นไม้จันทน์ที่ลอยมายังท่าเรือปากคลองตลาดในปี พ.ศ. 2498 สิ่งก่อสร้างของศาลเดิมเสียหายจากการระเบิดในสงครามโลกครั้งที่ 2 และได้มีการก่อสร้างศาลใหม่ดังที่เห็นกันอยู่ในปัจจุบัน