สวนรุกขชาติหนองตาอยู่ เริ่มดำเนินการครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๙๖ ในรูปแบบการปลูกสร้างสวนป่า โดยกองบำรุงกรมป่าไม้ โดยใช้ชื่อว่า สถานีวนกรรมหนองตาอยู่ เพื่อดำเนินการศึกษา ทดลอง ค้นคว้า วิจัย การเจริญเติบโตของพันธุ์ไม้ชนิดต่างๆ ในท้องที่ภาคตะวันออก และมีการทดลองปลูกสนประดิพัทธ์เพื่อขจัดความเดือดร้อนของราษฎรในการใช้ไม้ทำประมง
ในปี พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้โอนงานให้สำนักงานป่าไม้เขตศรีราชา รับผิดชอบดำเนินงาน พร้อมกับเปลี่ยนชื่อเป็น สวนป่าหนองตาอยู่ ต้นไม้ที่ปลูกได้เจริญเติบโตสูงใหญ่ สภาพพื้นที่มีความร่มรื่นคล้ายป่าธรรมชาติ ดังนั้น ในปี พ.ศ. ๒๕๓๖ สำนักงานป่าไม้เขตศรีราชา จึงได้เสนอกรมป่าไม้ เพื่อขอจัดตั้งเป็น สวนรุกขชาติหนองตาอยู่ และได้รับการอนุมัติเปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็น “สวนรุกขชาติหนองตาอยู่” ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา ปัจจุบันสวนรุกขชาติหนองตาอยู่ สังกัดส่วนพัฒนาและเผยแพร่องค์ความรู้ สำนักวิจัยการอนุรักษ์ป่าไม้และพันธุ์พืช กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช
มีสวนรวมพรรณไม้ 8 สวน ได้แก่ สวนสมุนไพร สวนพรรณไม้วรรณคดี สวนพรรณไม้หอม สวนพรรณไม้อเนกประสงค์ สวนพรรณไม้เฉลิมพระเกียรติ สวนพรรณไม้พุทธประวัติ สวนพรรณไม้พระราชทาน 76 จังหวัด สวนพรรณไม้มงคล มีกิจกรรมเรียนรู้และท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ ได้แก่ ค่ายเยาวชนอนุรักษ์ธรรมชาติ ศึกษาพรรณไม้ และดูนก
สวนรวมพรรณไม้