หมู่บ้านญี่ปุ่นตั้งอยู่ที่ตำบลเกาะเรียน สามารถเดินทางจากวัดพนัญเชิงไปอีกประมาณ 1 กิโลเมตร ก็จะเห็นอาคารผนวกหมู่บ้านญี่ปุ่นตั้งอยู่ทางด้านขวามือ รอบๆบริเวณจัดเป็นสวนแบบญี่ปุ่นเพื่อระลึกถึงชาวญี่ปุ่นในสมัยนั้น ภายในจัดเป็นพิพิธภัณฑ์แสดงประวัติความเป็นมาของการค้าขายระหว่างญี่ปุ่นกับพระนครศรีอยุธยาและรวมไปถึงการค้าขายระหว่างอยุธยากับพ่อค้าต่างชาติในสมัยนั้น
ประวัติศาสตร์อยุธยาสมัยที่อยุธยารุ่งเรื่องถึงขีดสุด มีการค้าขายกับนานาชาติหลายประเทศรวมทั้งญี่ปุ่น จนเป็นชุมชนญี่ปุ่นเกิดขึ้นในประเทศไทย ยามาดะ นางามาซะ หรือ ออกญาเสนาภิมุข ผู้นำและหัวหน้าหมู่บ้านญี่ปุ่นสมัยนั้นได้ตั้งกองอาสาญี่ปุ่นขึ้น และช่วยปราบกบฏจนได้รับการแต่งตั้งให้เป็นถึงเจ้าเมืองนครศรีธรรมราช โดยหมู่บ้านนี้ถูกจัดตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทย และนักวิชาการญี่ปุ่นปรับขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่น และจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งเคยเสนอปรับปรุงบริเวณที่เคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่นให้จัดสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่นมาเป็นการเสนอให้จัดตั้งเป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา ซึ่งจะทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัย และพิพิธภัณฑสถานเกี่ยวกับราชอาณาจักรอยุธยาโดยรวม
-อาคารผนวกศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา
-สวนญี่ปุ่น
-ศิลาจารึกประวัติหมู่บ้านญี่ปุ่น
-นิทรรศการยามาดะ นางามาซะ (ออกญาเสนาภิมุข) และท้าวทองกีบม้า