อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว เป็นส่วนหนึ่งของเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาสมิง (ป่าคลองใหญ่-เขาไฟไหม้) จังหวัดตราด แต่ได้มีการสำรวจเพิ่มเติมและเล็งเห็นว่า พื้นที่บริเวณป่าเขาชะอม เขาคลองปุก และเขามะปริง อันเป็นพื้นที่ป่าอนุรักษ์ ยังคงความอุดมสมบูรณ์และมีสัตว์ป่าอยู่ชุกชุม สมควรจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ หลังจากสำรวจพื้นที่เพิ่มเติมอีก จึงได้รวม เขาแก้ว เขาตาบาด เขาตาโชติ เขากำแพง ฯลฯ รวมทั้งพื้นที่ป่าสมบูรณ์บริเวณเขาปอใหม่ เขาบึงพะวาดำ เขาเอ็ด เขาคลองปูน ฯลฯ รวมเนื้อที่ทั้งหมดประมาณ 123,700 ไร่ หรือ 197.2 ตารางกิโลเมตร ในท้องที่ตำบลหนองบอน ตำบลช้างทูน ตำบลบ่อพลอย ตำบลนนทรีย์ และตำบลด่านชุมพล อำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด นำเสนอที่ประชุม คณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ประจำจังหวัดตราด ครั้งที่ 4/2543 เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2543 และที่ประชุมพิจารณาให้ความเห็นชอบในการจัดตั้ง อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว และได้นำเรื่องเข้าสู่การพิจารณาของคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ครั้งที่ 2/2543 เมื่อวันที่ 30 ตุลาคม 2543 ซึ่งที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติได้ โดยใช้ชื่อว่า อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว
น้ำตกมีน้ำตลอดทั้งปี น้ำใสมากสามารถมองเห็นพื้นล่างที่เป็นหินและทรายในระดับลึกกว่า 2 เมตร