อุทยานแห่งชาติแก่งตะนะ สภาพทั่วไปเป็นที่ราบและเนินเขาเตี้ยๆ โดยมียอดเขาบรรทัดเป็นจุดสูงสุด ความสูงประมาณ 543 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง มีแม่น้ำมูลและแม่น้ำโขงไหลผ่านตามแนวเขตทางด้านทิศเหนือไปออกประเทศลาว บริเวณแก่งตะนะจะมีสายน้ำที่เชี่ยวและลึก อีกทั้งยังมีถ้ำใต้น้ำหลายแห่ง จึงทำให้มีปลาอาศัยอยู่ชุกชุม ตรงกลางมีโขดหินขนาดใหญ่เป็นเกาะกลาง
คำว่า “ตะนะ” จากการเล่าขานตามความเชื่อของชาวบ้านและประชาชนทั่วไป เดิมมาจากคำว่า “มรณะ” เนื่องจากบริเวณแก่งตะนะนี้มีกระแสน้ำไหลที่เชี่ยวกราก และมีโขดหินใหญ่น้อยอยู่ทั่วไป ตลอดจนมีถ้ำใต้น้ำอยู่หลายแห่ง ชาวบ้านที่สัญจรทางน้ำหรือออกจับปลา มักประสบอุบัติเหตุเสียชีวิตอยู่เป็นประจำ ชาวบ้านจึงเรียกแก่งนี้ว่า “แก่งมรณะ” ตามแรงบันดาลจากสภาพของสายน้ำที่ไหลผ่านแก่งนี้ ซึ่งต่อมาเรียกว่า “แก่งตะนะ” จึงตั้งเป็นชื่ออุทยานแห่งชาติ