อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา มีเกาะที่สำคัญ คือ เกาะเหลาเหลียงเหนือ เกาะเหลาเหลียงใต้ เกาะเบ็ง เกาะละมะ เกาะบุโหลนขี้นก เกาะบุโหลนใหญ่ เกาะบุโหลนไม้ไผ่ เกาะเขา ใหญ่ และเกาะลิดี สถานที่ท่องเที่ยวที่น่าสนใจในเขตอุทยานฯ คือ เกาะลิดี มีหน้าผาและถ้ำเป็นที่อาศัยของนกนาง แอ่นจำนวนมาก มีหาดทรายขาวบริสุทธิ์ และมีเวิ้งอ่าวยื่นเข้า ไปในตัวเกาะน้ำใสสะอาด เหมาะสำหรับนักท่องเที่ยวที่ชอบเล่นน้ำทะเล นอกจากนั้นยังมี เกาะเขาใหญ่ และเกาะบุโหลน เป็นต้น