เกาะพะงันมีเนื้อที่ 170 ตารางกิโลเมตร ภูมิประเทศของเกาะพะงันมีภูเขาอยู่ตรงกลางเกาะ ทอดตัวจากทิศเหนือจดทิศใต้มีที่ราบทางด้านทิศตะวันตกของเกาะ ส่วนทางทิศตะวันออกเป็นเทือกเขาจดทะเลบางแห่งก็มีอ่าวเล็กอ่าวน้อยเรือเข้าจอดได้เป็นบางฤดู เกาะพะงันมีชายหาดขาวน้ำทะเลใสน่าเล่นน้ำหลายหาด ร่มรื่นด้วยทิวไม้ริมชายหาดความเงียบสงบของชายหาดต่าง ๆ บนเกาะเป็นเสน่ห์ที่นักท่องเที่ยวจะได้พบ