เจดีย์ภูเขาทองนั้น สันนิฐานว่า ได้สร้างขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระราเมศวร เมื่อปี พ.ศ. 1930 และเมื่อปี พ.ศ. 2112 พระเจ้าบุเรงนอง แห่งเมืองหงสาวดี ได้ยกทัพเข้ามาตีกรุงศรีอยุธยาได้สำเร็จ จึงได้สร้างพระเจดีย์ใหญ่แบบมอญขึ้นไว้เป็นอนุสรณ์ที่วัดนี้ เจดีย์ที่สร้างนี้เรียกว่า ภูเขาทอง และวัดที่อยู่ติดกับเจดีย์นี้ก็เรียกว่า วัดภูเขาทอง ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าบรมโกศ ได้ทำการปฏิสังขรณ์องค์เจดีย์ใหม่ เปลี่ยนรูปจากเจดีย์มอญเป็นรูปเจดีย์ย่อไม้สิบสองที่กำลังนิยมอยู่ในขณะนั้น ส่วนฐานนั้นเป็นศิลปมอญอยู่