วัดใน ตั้งอยู่หมู่ที่ ๓ ตำบลบ้านใต้ อำเภอเกาะพะงัน วัดในแห่งนี้ไม่ปรากฏหลักฐานการสร้างที่แน่ชัด ตัวโบราณสถานอยู่ในพื้นที่วัดร้างในเขตธรณีสงฆ์ของวัดโพธิ์ หมู่ ๒ บ้านนอก ตำบลบ้านใต้ อำเภอเกาะพะงัน ชาวบ้านเรียกกันสืบมาว่าวัดใน เพราะถัดไปมีวัดนอกอีก ๑ วัด
บริเวณวัดในมีโบราณสถานคือ เจดีย์ ๓ องค์ เจดีย์องค์แรก คงสภาพดีที่สุดในจำนวนเจดีย์ทั้ง 3 องค์ เป็นเจดีย์ฐานสี่เหลี่ยมย่อมุมไม้สิบสองก่ออิฐถือปูน เจดีย์องค์ที่สองสร้างด้วยหินปะการังเหลือเพียงฐานปัจจุบันถูกรากต้นโพธิ์โอบคลุมไว้ เจดีย์อีกองค์หนึ่ง อยู่ด้านทิศตะวันออกของเจดีย์หินปะการัง เป็นเจดีย์ขนาดเล็กก่ออิฐถือปูนเหลือเพียงส่วนฐานเช่นเดียวกัน
เจดีย์วัดในเป็นหลักฐานทางประวัติศาสตร์ แสดงถึงการตั้งชุมชนมาตั้งแต่ปลายกรุงศรีอยุธยาหรือต้นสมัยรัตนโกสินทร์ โดยสันนิษฐานจากลายปูนปั้นแบบจีนบนเจดีย์ซึ่งเป็นช่วงที่ชาวจีนอพยพมาตั้งรกราก
เจดีย์วัดใน เป็นหลักฐานแสดงถึงการตั้งชุมชนมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนปลาย-สมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น