คลองมะละกาอยู่ที่อ่าวพันเตมะละกา เป็นคลองที่มีขนาดใหญ่ สามารถแล่นเรือเข้าไปเที่ยวชมได้เป็นระยะทางหลายกิโลเมตร สภาพสองข้างทางเป็นป่าโกงกาง สลับกับโขดหินผา น้ำในลำคลองเป็นน้ำกร่อยในอดีตคลองมะละกาได้ชื่อว่า มีจระเข้ที่ดุร้ายอาศัยอยู่ชุกชุมมาก สิ่งที่น่าสนใจบริเวณคลองมะละกา นอกจากสภาพภูมิประเทศที่สวยงามแล้วบริเวณต้นน้ำมีถ้ำน้ำดั้นถึง 3 แห่ง เป็นถ้ำที่มีน้ำไหลลอดออกมาจากภายในถ้ำลงสู่ลำคลอง ถ้ำที่มีชื่อเสียงมาก ได้แก่ ถ้ำจระเข้ซึ่งเป็นถ้ำที่ลึกลับวิจิตรสวยงามของหินงอกหินย้อย รูปร่างแปลกตาอันเกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ ทางอุทยานฯได้ทำทางเดินภายในถ้ำและยังมีผู้นำทางทำให้เกิดความสะดวกสบาย