วัดศรีษะทองสร้างจากการร่วมแรงร่วมใจของชาวบ้าน ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวลาวที่อพยพมาจากเวียงจันทน์ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น ในขณะที่มีการขุดดินสำหรับสร้างวัด ได้พบเศียรพระทองจมอยู่ในดิน จึงถือเป็นนิมิตที่ดี เลยได้ตั้งชื่อวัดนี้ว่า วัดหัวทอง ตั้งแต่นั้นมา ต่อมาทางการได้ขุดคลองเจดีย์บูชาแยกจากแม่น้ำนครชัยศรี ไปยังองค์พระปฐมเจดีย์เพื่อสะดวกในการเสด็จพระราชดำเนินไปนมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ คลองนี้ผ่านพื้นที่ทางตอนใต้ของวัดหัวทองและหมู่บ้าน ชาวบ้านจึงอพยพมาอยู่ใกล้คลองเพราะสะดวกในการคมนาคม วัดนี้จึงย้ายจากที่เดิมมาอยู่ใกล้คลองเจดีย์บูชาและเปลี่ยนชื่อเป็น วัดศีรษะทอง