เล่ากันว่าเมื่อปี พ.ศ. 2474 มีชาวบ้านอพยพมาสร้างชุมชน ซึ่งที่บริเวณนี้เป็นพื้นที่อุดมสมบูรณ์ เหมาะแก่การทำการเกษตรกรรม และมีต้นไผ่และแฝกมากมาย สามารถนำมาเพื่อการปลูกสร้างบ้านเรือน (น่าจะเป็นที่มาของชื่อหมู่บ้านในปัจจุบัน) ต่อมาในปี พ.ศ. 2484 ชาวทุ่งแฝกได้ร่วมกันสร้างวัดเล็กๆ ซึ่งเกิดจากการร่วมแรงร่วมใจที่เปี่ยมด้วยศรัทธาในพระพุทธศาสนาของชาวทุ่งแฝก แต่เดิมจะมีพระจำพรรษาหนึ่งรูป-สองรูปแล้วพอออกพรรษาก็จะปล่อยวัดร้าง (ปัจจุบันวัดเก่าคือที่ตั้งของโรงเรียนทุ่งแฝกพิทยาคม) ในปี พ.ศ. 2499 มีการขุดคลองชลประทาน ชาวบ้านจึงได้ย้ายวัดมาสร้างบริเวณริมคลอง และกลายเป็นที่ตั้งของวัดทุ่งแฝกในปัจจุบัน