เป็นวัดโบราณมีมาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา และเป็นวัดที่ชำรุดทรุดโทรมมาก พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก จึงได้โปรดเกล้า ฯ ให้สมเด็จพระอนุชาธิราชเจ้า กรมพระราชวังบวรสุรมหาสิงหนาท ซ่อมแซมขึ้นใหม่ทั้งวัด เดิมชื่อวัด สำเพ็ง ตามชื่อถนนที่วัดตั้งอยู่ คือถนนสำเพ็ง ต่อมาในรัชกาลที่ 1 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก พระราชทานนามใหม่ว่า วัดปทุมคงคา