ศูนย์อนุรักษ์และศึกษาระบบนิเวศป่าชายเลน ตั้งอยู่ด้านหลังโรงเรียนบางตะบูนวิทยา ป่าชายเลนบริเวณนี้ได้รับการอนุรักษ์ไว้อย่างดีจึงค่อนข้างอุดมสมบูรณ์มาก ซึ่งทางโรงเรียนได้จัดทำสะพานไม้และสะพานคอนกรีตยาวประมาณ 150 เมตรเดินเข้าไปในป่าชายเลนซึ่งมีต้นไม้ขึ้นอยู่หนาแน่น และมีสัตว์ที่อาศัยอยู่บนพื้นป่ามากมาย โดยเฉพาะ ปลาตีน ปูซึ่งจะดีดก้ามส่งเสียงดังไปทั่วอยู่ตลอดเวลา นอกจากนี้ในฤดูฝนจะพบหิ่งห้อยแมลงที่เรืองแสงได้อีกด้วย ทางเดินศึกษาธรรมชาติจะอยู่ติดกับชา ยทะเลซึ่งสามารถเห็นวิถีชีวิตการทำประมงพื้นบ้าน โดยมีมัคคุเทศก์น้อยซึ่งเป็นเยาวชนในท้องถิ่นเป็นผู้นำชมให้ความรู้