พื้นที่อุทยานแห่งชาติเขาหลัก-ลำรู่ มีลักษณะเป็นเทือกเขาสลับซับซ้อนได้แก่ เขาหลัก เขาลำรู่ เขาแสงทอง เขาไม้แก้ว และเขาปลายบางโต๊ะ มียอดเขาที่สูงที่สุดประมาณ 1,077 เมตรจากระดับน้ำทะเล เป็นต้นกำเนิดของแม่น้ำที่สำคัญในจังหวัดพังงาได้แก่ แม่น้ำพังงา และแม่น้ำตะกั่วป่า ซึ่งประกอบด้วยคลองและลำห้วยเล็กๆ มากมาย ได้แก่ คลองบางเนียง คลองบางลาโอน คลองเก้า คลองลำรูด้วน คลองลำรูใหญ่ คลองทุ่งคาโงก และคลองกะปง เป็นต้น